第二批“不忘初心、牢记使命”主题教育开展以来，东南大学坚持从“深、透、准、实”四个维度发力，统筹抓好学习教育、调查研究、检视问题和整改落实各项工作，推进主题教育深入开展、取得实效。
紧扣“深”字组织实施，推进主题教育走深走实。学校党委成立主题教育领导小组，下设办公室及10个指导组，具体负责主题教育各项工作的组织实施。召开主题教育动员会，部署推进主题教育各项工作。各基层党委召开动员会，制定专题学习、专项整治、专题民主生活会等工作方案，有效落实主题教育各项要求。成立由校领导班子成员任组长的指导小组，采取随机抽查、调研访谈等方式，对各基层党组织主题教育开展指导102次，确保主题教育有序组织、扎实推进。在学校理论学习平台“至善网”开设主题教育专栏，传达上级有关部门对主题教育的要求，对全校主题教育工作开展情况进行持续报道。
围绕“透”字深入学习，推进理论学习融会贯通。将学习贯彻习近平新时代中国特色社会主义思想作为主线，贯穿主题教育始终。坚持领导班子带头学，主题教育启动前，举办校领导班子暑期专题读书班，以读原著原文、实地研学、集中研讨等多种方式深化理论学习，先学一步、深学一层。主题教育全面启动后，校领导班子列出10个专题，先后集中学习研讨15次，班子成员在《光明日报》《中国高等教育研究》等发表理论文章3篇，深入阐述理论学习心得。处级领导干部结合各自工作实际，共开展集中学习706次。坚持支部引领深入学，发挥党支部主体作用，开展党支部书记轮训，要求党支部书记带头讲、领着学，促进理论学习向上看齐，并要求各支部组织党员至少参加一次志愿服务，为身边群众至少办一件实事好事。坚持将爱国主义融入学，充分挖掘学校红色资源，通过采访老校友形成口述史、举办《在雨花英烈精神的激励下前进——东南大学一代青年的红色记忆》专题展等，进一步增强广大师生的爱国情怀。组织“我和祖国共成长”师生艺术作品巡展、“峥嵘七十载与国共奋进——东大人的国家记忆”主题千人思政大课等系列活动，激励师生践行强国志、报国行。
突出“准”字检视问题，推进调查研究深剖根源。坚持问题导向，聚焦事业发展突出问题、师生员工反映热点难点问题进行调研，校领导班子成员带头，列出调研计划表，明确调研主题、调研单位，深入一线听实话、察实情，深挖根源，拿出实招。坚持问需问计于师生，全校处级以上领导干部共确立300余个调研问题，开展调研748次，基于调研成果讲专题党课296次；校领导召开座谈会44次，访谈435人，发放及回收问卷2723份。召开专题民主生活会，校领导班子成员按照“四个对照”“四个找一找”要求，深入检视剖析，查摆自身不足，查找工作短板，深刻剖析原因，为整改落实夯实基础。
抓住“实”字深化整改，推进解决问题落地见效。坚持求真求实、立行立改，深入落实整改整治任务。突出整改实效，多次召开党委常委会专题讨论整改落实，制定整改方案，梳理4大类60余项整改任务，形成8个专项整治方案，逐一明确责任主体和整改期限，真刀真枪解决问题。突出问题导向，针对梳理发现的重要问题，紧紧围绕为党育人、为国育才，深化“三全育人”综合改革，实施“十大育人计划”，推进思想政治工作一体化建设。服务重大需求，围绕推进“双一流”建设，聚焦发力，召开人事工作会议，深化人事制度改革，着力建设一流师资队伍；推进实施《2020一流本科教育行动计划》《研究生教育综合改革实施方案》《思政课程创优行动计划》《本科生导师制实施办法》等文件，成立秉文书院、健雄书院，探索人才培养“三制五化”模式创新，努力培养高素质人才。